NFL sezona 1999. je 80. po redu sezona nacionalne lige američkog nogometa.
Sezona je počela 12. rujna 1999. Super Bowl XXXIV je bio završna utakmica sezone, u kojoj su se 30. siječnja 2000. u Atlanti u Georgiji na stadionu Georgia Dome sastali pobjednici AFC konferencije Tennessee Titansi i pobjednici NFC konferencije St. Louis Ramsi. Pobijedili su Ramsi rezultatom 23:16 i tako osvojili svoj treći naslov prvaka u povijesti.[1] Ramsima je također to prvi naslov prvaka od preseljenja momčadi u St. Louis iz Los Angelesa 1995. godine.
Nakon trogodišnjeg prekida, u ligu se 1999. kao 31. momčad vraćaju Cleveland Brownsi. Tako se po prvi put od 1966. dogodilo da liga ima neparan broj momčadi.